父親が鬼籍に入った後に営業許可を引き継ぐ場合でも問題が発生する可能性はあります。むしろこれが一番多いかもしれません。
例えば司の弟である次郎が経営権の相続を主張してきた場合、話がややこしくなります。
営業許可の地位承継は相続人全員の同意が必要であるため、相続人の一人である次郎が司への相続に反対した場合は営業許可の地位承継はできなくなります。
この状態を解消するためにはもはや何とか次郎を説得して司が店の相続人となる事を納得させるか、家庭裁判所に調停を申し立てる他なくなります。
上記のように色々な手続きを放置しておくと決まって面倒な問題が起こりがちになるので、行政書士としては基本的に実体に沿った手続きをお勧めしています。